Rabu, 04 Januari 2012

AQUAKULTUR BIOINFORMATIC

PERHATIAN 
INI JAWABAN SOAL UAS YANG SAYA BUAT  . . .  ! ! ! !
SILAHKAN LIAT SAJA DIBAWAH INI :





Identifikasi dan lokalisasi struktural
protein virus herpes anguillid 1

Banyak herpesvirus ikan dikenal memiliki spesies budidaya yang penting sebagai tuan rumah alami mereka, dan dapat menyebabkan
penyakit serius dan kematian. Anguillid herpesvirus 1 (AngHV-1) menyebabkan penyakit perdarahan di belut Eropa,
Anguilla Anguilla. Meskipun penting, pengetahuan molekul mendasar pada herpesvirusikan masih terbatas.
Dalam studi ini kami menjelaskan identifikasi dan lokalisasi protein struktural AngHV-1.dimurnikan virion
yang difraksinasi menjadi tegument kapsid-dan fraksi amplop, dan prematur capsidsdiisolasi dari
sel yang terinfeksi. Protein yang diekstraksi dengan metode yang berbeda dan diidentifikasi dengan spektrometri massa. Sebanyak 40
protein struktural diidentifikasi, yang 7 dapat ditugaskan untuk kapsid, 11 ke amplop, dan 22 ke
tegument. Identifikasi dan lokalisasi protein ini memungkinkan prediksi fungsional.Temuan kami meliputi
identifikasi protein kapsid tripleks, putatif 1 protein tegument dominan, dan besar
antigenik protein amplop. Delapan belas dari 40 AngHV-1 protein struktural telah homologurutan terkait
Cyprinid herpesvirus 3 (CyHV-3). Konservasi gen virus herpes ikan struktural tampaknyatinggi untuk kapsid
protein, terbatas untuk tegument protein, dan rendah untuk protein amplop. Identifikasi dan lokalisasi
dari protein struktural AngHV-1 dalam penelitian ini menambah pengetahuan dasaranggota
Alloherpesviridae keluarga, terutama dari genus Cyprinivirus.

lebih lanjut nya silahkan liat jurnal disini


Dari hasil resum jurnal diatas dapat di tarik kesimpulan berupa :

Cyprinid herpesvirus 3 ( CyHV-3) ??
Cyprinid herpesvirus merupakan virus yang menyerang sebagian besar belut, yang menyerang sistem organ dalam, sehingga belut akan mengalami pendarahan.


maka hasil penelitian ini akan memfasilitasi karakterisasi lebih fungsional diarahkan protein yang menarik. Selain itu, informasi ini sangat penting dalam studi lebih lanjut tentang Pathobiology virus ini, dan akan mendukung pengembangan diagnostik spesifik
alat dan vaksin. Dimana virus tersebut dapat diidentifakasi dengan menggunakan sistem bioinformatik dalam bidang perikanan. Sehingga penyakit tersebut dapat diatasi dan sehingga akan dapat meningkatkan hasil produksi.
.
jadi bio informatika dalam bidang aquacultur berfungsi untuk mengetahui dan menyelesaikan kasus yang ada dalam bidang perikanan.


SUMBER :
http://www.springerlink.com/journals/
NAMA : LUTHFI ADHI VIRNANTO
NIM : 26010210120032
PRODI :BUDIDAYA PERAIRAN'10
Diposting oleh di Tidak ada komentar:

Selasa, 03 Januari 2012

BIO-INFORMATIKA dalam PERIKANAN

 Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metodematematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. 
Bioinformatika adalah gabungan antara ilmu komputer dengan ilmu biologi yang berfungsi untuk menganalisis ilmu di bidang biologi.

 Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.

ISI

Pada prinsinya pendekatan biologi moelekuler dapat ditempuhdengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda . Pertama, studi pada tingkat DNA yang disebut (Anotasi Genom), yaitu mengidentifikasi gen-gen pada suatu genom, yang kemudian menganalisis letak dan fungsi gen-gen tersebut. Kedua, studi pada tingkat RNA (Transkriptomika), yaitu menguji seluruh transkrip (produk transkripsi gen) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiga, studi pada tingkat protein (Proteomika), yaitu menguji seluruh protein (produk translasi RNA) yang dihasilkan oleh suatu genom. Ketiganya bertujuan untuk meningkuatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan.
PROTEOMIKA
Fungsi genom dapat dipelajari pada tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya.

PENUTUP
Pendekatan molekuler dengan bioinformatik telah dilakukan di bidang perikanan meliputi Anotasi genom, traskriptomika dan poteomika. Pada anotasi genom program bioinformatika yang digunakan adalah program BLAST, pada transkriptomika adalah pembuatan chip microarray, sedangkan pada program proteomika dalah menganalisa asam amino penyandi gen dengan menggunakan program BLASTN.

Kesimpulan dari jurnal tersebut : bioinformatik dalam perikanan berfungsi untuk mengidentifikasi gen-gen pada ikan, yang kemudian di rekayasa dan menjadikannya ikan jenis baru yang lebih sempurna untuk meningkatkan produksivitas budidaya perikanan.

lebih lanjut nya jurnal dapat dilihat dibawah ini:
Diposting oleh di Tidak ada komentar:
Langganan: Postingan (Atom)